Nikolai Baden Frederiksen

Баден начал играть в футбол в Нэсби БК и присоединился к ФК Норшелланн летом 2015 года. В возрасте 14 лет Баден проходил просмотр в Ливерпуле. Он сыграл товарищеский матч за их юношескую команду U16 против Уиган Атлетик, который они выиграли со счётом 2–1.

ФК Норшелланн

Летом 2017 года Баден подписал 3-летний юношеский контракт с клубом и начал тренироваться с основной командой. Он также отправился в тренировочный лагерь с командой летом 2017 года в Нидерландах. Первый опыт Бадена в профессиональном футболе состоялся 30 июля 2017 года, когда он сидел на скамейке запасных на протяжении всей игры против ААБ. Он дебютировал за ФК Норшелланн 14 октября 2017 года против Рандерс ФК. Баден начал матч на скамейке, но заменил Виктора Транберга на 84-й минуте. Две минуты спустя Баден забил победный гол в возрасте всего 17 лет, и ФК Норшелланн выиграл матч со счётом 3–2.

Ювентус

18 августа 2018 года было объявлено, что Баден подписал четырехлетний контракт с Ювентусом. Он начал играть за команду Примавера. Баден был куплен за сумму около 11,3 миллиона датских крон. Баден в основном играл за команду Примавера Ювентуса в своем первом сезоне. Он дебютировал за Ювентус U23 в Серии C в апреле 2019 года. После 9 матчей в Серии C Баден был отдан в аренду в голландский клуб Фортуна Ситтард 31 января 2020 года на оставшуюся часть сезона. 25 августа он был отправлен в аренду в австрийский клуб ВSG Тироль на сезон 2020–21.

Витесс

14 июля 2021 года он подписал трехлетний контракт с дополнительной опцией продления с голландским клубом Витесс. Баден забил в своем первом официальном матче за клуб против ПЕК Зволле в Эредивизи 15 августа 2021 года. В день окончания трансферного окна, 31 января 2023 года, Баден подписал контракт с венгерским клубом Ференцварош на один год…