Stefan Aigner

В 2012 году Айгнер был объявлен в Айнтрахте Франкфурт по трехлетнему контракту. 17 сентября 2014 года он подписал четырехлетнее продление контракта до 30 июня 2018 года. В июле 2016 года Айгнер был объявлен в 1860 Мюнхен по четырехлетнему контракту. 27 июля 2017 года Айгнер был объявлен в Колорадо Рэпидс по трехлетнему контракту. Он выиграл награду Игрока месяца сентября 2017 года за помощь Доминику Баджи и за забитый первый гол в MLS против Монреаль Импакт 30 сентября 2017 года. Айгнер выиграл награду Игрока месяца октября 2017 года за забитый второй гол в MLS. 4 января 2018 года он начал двухнедельную тренировку с Хоффенхаймом, чтобы набрать форму перед предсезонной подготовкой Колорадо. 8 июня 2018 года Айгнер взаимно расторг свой контракт с Колорадо Рэпидс. В 2019 году Айгнер был объявлен в Вехен Висбаден по однолетнему контракту. 12 июля 2020 года он подписал новый однолетний контракт с клубом. В июне 2021 года Айгнер объявил о своем уходе из профессионального футбола.

После его ухода, в октябре 2021 года, Айгнер вернулся в СВВВ в качестве скаута. Он работал стажером в ФК Аугсбург, прежде чем быть назначенным помощником тренера команды U19 в июле 2023 года. В июле 2024 года Айгнер был объявлен помощником тренера команды ФК Аугсбург U23.